Vedci z UK čítajú genóm koronavírusu „po písmenkách“. Poznatky môžu urýchliť vývoj liečiv
Vírus sa cestovaním mení. Aj malé rozdiely môžu mať vplyv na infekčnosť či priebeh ochorenia, ktoré spôsobí.
Animácia šírenia koronavírusu, ktorú zverejňuje databáza GISAID, vyzerá ako mapa letového poriadku. Vírus letí z Číny do okolitých krajín a potom si po ďalších linkách žije vlastným životom.
Táto verejná databáza zhromažďuje genómové sekvencie vírusu SARS-CoV-2 z celého sveta. Údaje majú vedcom pomôcť pochopiť, ako sa vírusy šíria, mutujú a stávajú sa pandémiami.
Slovensko v nej má zatiaľ zaznamenané štyri sekvencie, čiže „prečítané“ časti genómov. „Chceli by sme sekvenovať podstatne viac izolátov z rôznych miest nákaz a zmapovať tak celé Slovensko,“ hovorí molekulárny biológ Tomáš Szemes.
Vedec pôsobí vo Vedeckom parku UK, kde so svojím tímom „číta“ a analyzuje genetické informácie koronavírusov.
Vírusy sa líšia
Vedci chcú v prvom rade zistiť, odkiaľ sa vzal nový koronavírus, ktorý sa vyskytuje na Slovensku, a čím sa biologicky líši od svojich príbuzných v iných krajinách. „Vďaka tomu môžeme zistiť, či existuje vzťah medzi odlišnosťami koronavírusov a rozdielnou rýchlosťou šírenia či mierou smrtnosti, ktorú vidíme v rôznych krajinách,“ vysvetľuje vedec a zároveň dodáva, že pri hľadaní odpovedí na tieto otázky potrebujú vedci veľké súbory medzinárodných dát.
Do medzinárodnej databázy GISAID, ktorá pred pandémiou koronavírusu zachytávala najmä šírenie a mutácie chrípky, zatiaľ prispelo 57 štátov. K dnešnému dňu obsahuje informácie o 3087 sekvenciách koronavírusových genómov. Jeden je izolovaný z vírusu, ktorý infikoval psa, zvyšok z vírusov, ktoré napadli ľudí.
Databáza je otvorená, jej dáta môžu vedci voľne využívať a vkladať do nej nové sekvencie.
30-tisíc „písmen“
Aby vedci zistili, ako sa genómy koronavírusov líšia medzi jednotlivými krajinami, musia ich najprv prečítať. Vírus má približne 30-tisíc nukleotidov, teda „písmen“. Aj rozdiely v niekoľkých desiatkach môžu byť pre vedcov v rámci tohto vírusového eposu kľúčové.
„V Dánsku sa napríklad vedci domnievajú, že relatívne vysoký počet odlišností môže mať súvis s vyššou infekčnou schopnosťou vírusu, ale zároveň nižšou pozorovanou smrtnosťou,“ vysvetľuje Szemes a pre lepšiu predstavu dodáva, že vysoký počet predstavuje rozdiel v 30 až 40 „písmenách“.
