Denník N

Čo sa dá vyčítať z prvých dát z plošného testovania

Foto N - Tomáš Benedikovič
Foto N – Tomáš Benedikovič

Dobrou novinou je, že antigénové testy fungujú veľmi dobre vo veľmi premorených oblastiach. Na miestach s nízkou incidenciou sa ukazujú ako málo efektívne.

[Tip na knihu od Denníka N: Ľudskosť. Optimistická história človeka.]

Autor je matematik,
na Fakulte matematiky, fyziky a informatiky UK učí dynamické matematické modelovania

Prvé dáta z plošného testovania Slovenska antigénovými testami už sú na svete. Čo sa z nich dá povedať?

Tak po prvé, je naozaj problém interpretovať tie dáta bez poriadnej validácie testu na porovnateľnej vzorke. Žiadna štúdia na svete žiadnych antigénových testov zatiaľ podobnú vzorku testovaných nemala. Preto sme vo veľkej neistote ohľadom parametrov testov a následne interpretácie výsledkov. Výsledky preto treba brať s rezervou.

Na druhej strane nielen Katka Bodová, ale aj iní ľudia určite mali jednoduchý nápad, že takéto veľké testovanie vlastne pomerne dobre odhalí parametre testov – špeciálne keď testujeme vzorku, v ktorej je vysoká dominancia negatívnych. Toto, samozrejme, vyžaduje ešte jednu vec a tou je dostatočná granularita dát z plošného testovania.

Dáta, ktoré sú dnes k dispozícii po prvom dni testovania, však majú pozoruhodnú štruktúru. Výsledky sú kumulované po vojenských veleniach, a tak napríklad Košice patria pod Trebišov. Podarilo sa nám však dosť prácnym spôsobom zistiť, ktoré okresy patria pod ktoré velenie, a tak vieme dať do súvisu doterajšie výsledky, ktoré sme zistili pomocou PCR testov, a výsledky antigénových testov.

Má to však háčik: jednak je tak dát menej, lebo vojenských velení je oveľa menej ako okresov, a zároveň sú pod jedným velením často spojené veľmi rôzne postihnuté oblasti. Toto, samozrejme, výrazne oslabuje rozsah toho, čo nám získané dáta vedia povedať. Preto potrebujeme čo najskôr údaje po jednotlivých okresoch. Dúfam, že v takomto urgentnom prípade budú dostupné čo najskôr.

A takisto aj výsledky testovaní vo veľkých firmách, v nemocniciach a vo väzniciach. Lebo len viac dát podá viac informácií. Tieto dáta treba vytrvalo žiadať, pretože existujú a môžu nám dať lepšiu predstavu, ako nastavovať ďalšie opatrenia.

Limitácie testov

Parametre používaných testov z doteraz publikovaných štúdií sme minulý týždeň odhadovali nasledovne: približne 50-percentná priemerná senzitivita na všeobecnej populácii a približne 98 – 99 percent špecificita.

Dá sa ďalej predpokladať na základe pozorovania vývoja výskytu nízkych hodnôt Ct v PCR testoch (t. j. vysoká vírová nálož), že senzitivita testov (t. j. ich schopnosť identifikovať infikovaného v populácii) závisí od testovanej vzorky. Keďže antigénové testy sú citlivejšie pri nižších hodnotách Ct, v regiónoch, kde sú práve veľké ohniská infekcie, môže byť ich senzitivita oveľa vyššia ako v regiónoch s nižším výskytom infekcie.

Preto sa údaje o senzitivite môžu líšiť od regiónu k regiónu: s najvyššou senzitivitou v okolí Oravy a Prešova a s nižšou napríklad na Gemeri či v Leviciach.

Na druhej strane špecificita by mala byť invariantná vzhľadom na región, aj keď dôležitú rolu môže v tomto prípade hrať teplota (pozri článok Petra Visolajského) alebo 20-eurová odmena za pozitívny výsledok, ktorá nemusí mať geograficky rovnaký efekt naprieč Slovenskom. V každom prípade špecificita v nízko premorených častiach Slovenska by mala byť v princípe podobná. Zároveň by mala byť podobná a zrejme vyššia vo vysoko premorených oblastiach.

Zdroje nepresnosti v testovaní

Túto oblasť dobre zhrnul vo svojom príspevku môj kolega z fakulty Radoslav Harman. Selekčný bias sa objavil počas jednotlivých dní na Orave (vyššie percento pozitívnych testov v nedeľu ako v piatok aj v sobotu). Napokon, je pochopiteľné, že ktokoľvek má naozaj symptómy ochorenia covid-19, tak asi nepôjde čakať na hodinu či viac do radu na testovanie. Dá sa preto domnievať, že vzorka otestovaná v sobotu bola zdravšia ako tá, ktorá sa testovala v nedeľu, či tá, ktorá sa testovať nepôjde vôbec. Veď to, že v parlamente boli pozitívne testovaní najmä kotlebovci, nie je žiadna náhoda.

Preto treba brať doterajšie dáta len predbežne; na presnejšie odhady treba počkať na pondelok, keď budú výsledky kompletné aspoň po veliteľstvách. A potom azda na stredu, keď by sme už mohli mať výsledky aj po okresoch, prípadne rozlíšenie medzi testovaním autom, testovaním vnútri a testovaním vonku (kvôli teplote). Len viac dát poskytne viac informácií a pomôže nám lepšie sa rozhodovať. Ja viem, že sa opakujem, ale treba.

Výsledky

Najspoľahlivejší by mal byť odhad špecificity testu. Ako bolo prezradené vyššie, dá sa odhadnúť z toho, že sa dá vopred predpokladať, že všetky najmenej premorené regióny ju bez ohľadu na rozdiely medzi nimi budú mať zhruba rovnakú, a to blízko hranice špecificity. A nie je teda prekvapenie, že to tak aj naozaj vyšlo – predsa len robíme testovanie celoplošne, t. j. výsledky sa správajú štatisticky veľmi robustne.

Ak teda zoberieme menej premorené regióny, obrázok ukazuje, že špecificitu možno odhadnúť približne blízko hranice, ktorú udával aj príbalový leták, t. j. cca 99,6 percenta. To je výborná správa, lebo to znamená, že asi len 0,4 percenta testovaných bude mať falošne pozitívny výsledok. Z odhadovaného počtu asi štyroch miliónov testovaných to teda bude len asi 16-tisíc ľudí. To je dobrá správa, aj keď to, samozrejme, asi znamená približne 50-tisíc ľudí omylom v karanténe (priemerná domácnosť má 3,2 člena). Je to však oveľa menej, ako sme očakávali, t. j. tento parameter je veľmi dobrý.

(Poznámka pre expertov: vo viac premorených oblastiach dáva osobitný fit odhad špecificity okolo 99 percent, tam môže byť zdroj tých nejasných výsledkov na rôznych typoch vzoriek. Neviem, do akej miery je to relevantné, ale môže to vysvetľovať veľa.)

Zo sobotňajších testov by toto teda bolo len asi 10-tisíc falošne pozitívnych testov. Našli sme teda odhadom 15-tisíc skutočne pozitívnych ľudí, čo je veľký úspech, lebo cez PCR testovania by sme takýto vysoký počet pozitívnych hľadali aspoň štyri dni, a všetkých by sme určite nenašli.

Dnes navyše pribudnú ďalší, takže je možné, že sa nám podarí nájsť približne 25-tisíc pozitívnych v populácii. To aj presne zodpovedá nášmu predchádzajúcemu odhadu asi 60-tisíc pozitívnych na Slovensku.

Z tohto počtu teda testy nájdu priemerne asi 50 percent. V jednom kole testovania.

Senzitivitu je ťažké z týchto dát zatiaľ odhadovať, najmä vzhľadom na vyššie spomínaný problém (môže byť rozdielna v oblastiach s veľmi rozdielnou epidemiologickou situáciou). Dá sa však zatiaľ tipovať, že v oblastiach ako Bratislava môže byť na úrovni 20-30 percent, kým na Orave to môže byť aj 60 percent, čo potvrdzujú aj opakované antigénové testy v tejto oblasti (redukcia antigénových pozitívnych približne o 60 percent). V Bardejove to bude bližšie 50 percent; výsledky nepoznám, dajú sa skontrolovať po tom, čo sa zverejnia.

Záver

Čo z toho možno usudzovať? Tak predovšetkým dobrou novinou je, že antigénové testy fungujú veľmi dobre vo veľmi premorených oblastiach. Je to aj logisticky dobre zvládnuteľné a armáda to vie koordinovať. Za pomerne nízke náklady (v porovnaní so stratami napríklad z plošného lockdownu) dokážeme takto výrazne zlepšiť epidemiologickú situáciu v menších oblastiach. Ak by sme boli schopní tam testovať dvakrát týždenne mobilnými jednotkami, mali by sme atómovú zbraň na ničenie ohnísk. (A áno, používa sa to takto už aj inde.)

Na miestach s nízkou incidenciou (počtom nových prípadov) sa tieto testy ukazujú ako málo efektívne. Dá sa predpokladať do siedmich dní len mierny pokles počtu prípadov, ktoré nájdeme PCR testami, a ani opakované pretestovanie tam nepomôže urobiť zásadný zlom ako vo veľmi premorených okresoch. Tam by bolo veľmi efektívne, ak by sa pozitívne antigénové testy pretestovali PCR, aby sa zistilo, ktoré sú skutočne pozitívne (je to malý počet a je to zvládnuteľné – stačí, aby príslušné RÚVZ indikovali týchto ľudí na PCR test). Následne by mali viac dát a mohli by trasovaním dopátrať ešte ďalších ľudí a identifikovať lokálne ohniská.

Z tohto teda vyplýva dosť dobrý plán na to, ako pokračovať ďalej a teoreticky sa vyhnúť plošnému lockdownu. Viac však budeme vedieť po detailnejších výsledkoch. Skutočná pravda sa však vyjaví tak o 14 dní, keď budeme už oveľa spoľahlivejšie vedieť, na čom objektívne naozaj sme.

Druhé kolo plošného testovania teda áno, ale iba v okresoch (či dokonca obciach/mestách) s antigénovou pozitivitou nad jedno percento (možno nad 0,8 percenta, ak máme dosť zdrojov). Zároveň inde namiesto toho pretestovať pomocou PCR všetkých antigénových pozitívnych a vytrasovať kontakty potvrdených prípadov. Toto sa zdá byť momentálne optimálna alokácia zdrojov. A zároveň to ušetrí čas lekárom v nemocniciach, ktorí sa budú môcť lepšie pripraviť na záťaž, ktorá ich teraz s veľkou pravdepodobnosťou čaká.

Ja viem, že sa opakujem – už len aby niekto počúval.

Ďakujem za pomoc Katke Bodovej, Radoslavovi Harmanovi a za pomoc s dátami Jakubovi Tillingerovi a Ivanovi Bošňákovi.

Plošné testovanie

Komentáre

Teraz najčítanejšie