KoronavírusOčkovanie proti koronavírusu

Denník NZo 400 prípadov na 16-tisíc za tri týždne. Omikron v Južnej Afrike neúmerne zasahuje aj deti

Otakar HorákOtakar Horák
Zdieľať
Testovanie na covid neďaleko Johannesburgu. Foto – AP
Testovanie na covid neďaleko Johannesburgu. Foto – AP

Vysoký počet 32 mutácií omikronu v spike proteíne vyvoláva medzi vedcami obavy. Predstavuje totiž zmenu vyše 2,5 percenta od pôvodného variantu. „To je zhruba na úrovni, ako sa ľudia líšia od šimpanzov,“ vraví vedec Tomáš Szemes. Prinášame sumár nových poznatkov o omikrone – o jeho infekčnosti, nebezpečnosti či pôvode. „Mal som husiu kožu,“ vraví africký vedec, ktorý bol pri objave variantu.

Je variant omikron infekčnejší, uniká imunite po prekonaní covidu či zaočkovaní a spôsobuje vážnejší priebeh ako variant delta?

Imunológ Peter Openshaw z Imperial College London hovorí, že podľa predbežných údajov je odpoveď na prvé dve otázky „áno, ale nikto nevie, do akej miery“.

Pred mesiacom mali v Južnej Afrike okolo 200 až 300 nových prípadov koronavírusu denne a v polovici novembra okolo 300 až 500. No 2. decembra to bolo už 11 535 a v sobotu 16 366.

V provincii Gauteng v Južnej Afrike stále dochádza k dennému nárastu nových prípadov na úrovni okolo 25 percent, takže ich počet sa zdvojnásobí za zhruba tri až štyri dni. Táto provincia tvorí epicentrum pandémie v Južnej Afrike. Leží v nej Johannesburg aj hlavné mesto Pretória.

Z uvedených dôvodov niektorí odborníci hovoria o „znepokojujúcom a exponenciálnom náraste“.

Epidemiológ Eric Liang Feigl-Ding z Federácie amerických vedcov, predtým pôsobiaci na Harvarde, vraví, že „dosiaľ ide o úplne najrýchlejší nárast“ zo všetkých variantov. Podľa neho má omikron vyššie reprodukčné číslo ako delta, hoci iní sú stále opatrní.

V provincii Gauteng sa nové prípady naďalej zdvojnásobujú za tri až štyri dni. Zdroj – Prof. Christina Pagel/Twitter

Nárast počtu hospitalizovaných detí

Interpretovať údaje o hospitalizáciách je náročné, keďže o existencii nového variantu sa vie zhruba dva týždne.

Z porovnania hospitalizácií z nemocnice v Pretórii (Steve Biko/Tshwane District Hospital Complex) počas prvých dvoch týždňov predošlej a tejto vlny plynie, že v nej teraz prijali až šesťkrát viac detí od 0 do 4 rokov.

V nemocnici v Pretórii končí až 6-krát viac detí vo veku od 0 do 4 rokov ako počas predošlých vĺn. Zdroj – Eric Liang Feigl-Ding/Twitter

Vinou variantu omikron končí „v nemocniciach neúmerne viac detí“, napísal epidemiológ Eric Liang Feigl-Ding.

Priebeh ochorenia

Od 14. do 29. novembra tvorili v provincii Guateng osoby mladšie ako 50 rokov až osemdesiat percent hospitalizovaných. Deti do 9 rokov tvorili skoro pätinu všetkých pacientov.

Miestne úrady však upokojujú, že nie je dôvod na paniku, keďže ochorenie má obvykle mierny priebeh. No sú aj deti s ťažším priebehom, niektoré vyžadujú liečbu kyslíkom.

Na kyslíku bolo 21 percent z celkového počtu pacientov, čo bolo menej ako počas minulých vĺn. Nižšia bola aj smrtnosť, ktorá klesla z 23 percent počas predošlých vĺn na terajších 6,6 percenta (10 zo 166 pacientov).

Od 14. do 29. novembra tvorili v provincii Guateng osoby mladšie ako 50 rokov až osemdesiat percent hospitalizovaných. Zdroj – Mia Milan/Twitter

Niektorí z toho usudzujú, že omikron spôsobuje menej závažný priebeh.

V kombinácii s vysokou infekčnosťou by mohlo ísť o výhodu, lebo deltu by vytlačil menej nebezpečný variant. Uvedený predpoklad však nezdieľajú všetci.

Údaje o závažnosti omikronu môže skresľovať aj fakt, že v Južnej Afrike je momentálne leto. To znamená, že vírus sa šíri najmä medzi mladšími, ktorí sa stretávajú na párty, v baroch či inde, kde sa infikujú. Až keď sa omikron rozšíri do celej populácie, budeme vedieť viac. Navyše niektoré úmrtia môžu dobiehať a časť pacientov môže ochoreniu ešte len podľahnúť.

V Južnej Afrike sa obomi dávkami zaočkovala štvrtina populácie.

Podľa údajov z nedele sa omikron nachádza v 17 krajinách Európskeho hospodárskeho priestoru (EÚ, Nórsko, Island a Švajčiarsko). Európske centrum pre kontrolu a prevenciu chorôb (ECDC) uviedlo, že všetky prípady boli buď „asymptomatické, alebo mierne“. Nezaznamenalo sa žiadne úmrtie.

32 mutácií v spike proteíne

Omikron vzbudzuje obavy najmä pre vysoký počet mutácií, aj preto ho Svetová zdravotnícka organizácia (WHO) zaradila medzi „obávané varianty“, kam patrí ešte alfa, beta, gama a delta.

Na porovnanie, variant delta (21A) má na spike proteíne 9 mutácií. Omikron ich má až 32 (celkovo je zasiahnutých 35 aminokyselín, ale ide o 32 mutácií, napríklad delécia 69/70 sa považuje za jednu mutáciu, hoci sa týka dvoch aminokyselín).

Spike proteínom sa vírus prichytáva na ľudské bunky.

Mutácie omikronu vyvolávajú obavy. Zdroj – Twitter/Eric Topol

Spike proteín tvorí 1260 aminokyselín, 32 mutácií predstavuje zmenu vyše 2,5 percenta oproti pôvodnému variantu. „Pre lepšiu predstavu, to je zhruba na úrovni, ako sa ľudia líšia od šimpanzov,“ hovorí molekulárny biológ a genetik Tomáš Szemes, vedúci Centra genomiky a bioinformatiky vo Vedeckom parku Univerzity Komenského v Bratislave.

Omikron sa od delty líši 23 mutáciami v spike proteíne (z 9 na 32 mutácií), čo je zmena takmer na úrovni dvoch percent z celkového počtu aminokyselín S proteínu.

Tomáš Szemes vysvetlil, že každá zmena v genóme môže byť podstatná. „Poznáme ľudské závažné genetické ochorenia, ktoré sú zapríčinené zmenou jednej jedinej aminokyseliny,“ povedal vedec a dodal, že situácia je pri omikrone o to horšia, že veľký počet zmien sa koncentruje práve v spike proteíne, čiže v mieste väzby vírusu na bunku. „Vo zvyšku genómu toľko zmien nevidíme,“ vraví Tomáš Szemes.

Zvýšené riziko reinfekcie

Vopred nemožno povedať, čo 32 mutácií v S proteíne nového koronavírusu znamená, obzvlášť v kombinácii typickej pre omikron. Údaje o šírení vírusu či klinických príznakoch sa zbierajú postupne.

Podľa prvých (nerecenzovaných) výsledkov sa zdá, že riziko reinfekcie pri omikrone je v porovnaní s prvou vlnou 2,4-krát vyššie.

To naznačuje, že vírus by vo zvýšenej miere mohol unikať imunitnému systému. Zatiaľ však ide o špekuláciu. Napríklad šéf Moderny Stéphane Bancel oznámil, že variant omikron má na spike proteíne toľko mutácií, že „neexistuje možnosť, aby mala vakcína rovnakú účinnosť ako proti delte“.

„Pôjde o veľký pokles. Neviem, aký veľký bude, lebo si musíme počkať na údaje. Ale všetci vedci, s ktorými som hovoril, hovoria: ‚Nebude to dobré‘,“ povedal Bancel v rozhovore pre Financial Times.

Objavili sa aj správy o tretej infekcii (druhej reinfekcii) covidom.

Ak sa údaje o zvýšenej schopnosti omikronu unikať imunitnému systému potvrdia, podľa niektorých sa pandémia zmení na pandémie dve – pandémiu delty pre nezaočkovaných a tých, ktorí ochorenie neprekonali, a pandémiu omikronu pre tých, ktorí covid prekonali alebo sa zaočkovali, no hrozí im reinfekcia.

WHO: Nerobme predčasné závery

Na druhej strane, Pfizer sa vyjadril, že proti vážnemu priebehu ochorenia a smrti by vakcína mohla fungovať aj naďalej.

Pediatrička a klinická vedkyňa Soumya Swaminathanová z WHO upozorňuje, že v tejto chvíli je „predčasné robiť akékoľvek závery o účinnosti vakcín proti omikronu“. Výskum bude trvať „niekoľko týždňov a musíme byť trpezliví“, cituje vedkyňu Financial Times.

Vakcína proti covidu štartuje v organizme nielen protilátkovú imunitu, ale aj tú bunkovú, keď T-bunky likvidujú bunky napadnuté vírusom. Zatiaľ sa nezdá, že by omikron kompletne vypínal imunitnú odpoveď vrátane spomenutej bunkovej imunity.

„Existuje dobrý dôvod myslieť si, že imunita T-buniek sa zachová,“ cituje Financial Times virologičku Penny Moorovú z Witwaterstrandskej univerzity v Johannesburgu. „T-bunky sú zamerané na oveľa viac oblastí v spike proteíne ako protilátky,“ povedala vedkyňa a dodala, že ide o dôvod, prečo mutácie vírusu predstavujú pre T-bunky menší problém ako pre protilátky.

Dva prípady z ružinovskej nemocnice

V ružinovskej nemocnici zaznamenali dva nové prípady šesťdesiatničky a sedemdesiatničky. Obe ženy boli zaočkované (druhou dávkou AstraZenecy v máji alebo druhou dávkou Moderny v apríli) a druhýkrát sa infikovali v decembri. Bolo to zhruba mesiac a pol po prvom covide.

Prvý covid sprevádzal úporný kašeľ, únava a chrípkový stav, zatiaľ čo reinfekcia vyzerala skôr ako nádcha.

Zatiaľ sa nevie, či ide o omikron, keďže vzorka sa ešte nesekvenovala, no vzhľadom na skorú reinfekciu také obavy existujú. Vzorky sa budú sekvenovať tento týždeň.

Do úvahy prichádza aj možnosť, že ženám sa po očkovaní nevytvorila dostatočná imunita, aby ich ochránila pred infekciou. No ochrana bola dostatočná na to, aby reinfekcia deltou (hoci len niekoľko týždňov po prvom covide) nemala ťažký priebeh.

Pôvod omikronu

Pôvod omikronu nie je známy. Vysoký počet mutácií môže mať preto, lebo sa dlhodobo vyvíjal v izolovanej skupine ľudí.

Ďalšia možnosť je, že vznikol v jedinej osobe, ktorá mala oslabenú imunitu. Mohlo ísť napríklad o pacienta s HIV, v Južnej Afrike žije viac ako 7 miliónov HIV pozitívnych. Potlačenie imunity mohlo spôsobiť, že vírus sa v tele osoby dlhodobo replikoval, až nazbieral mnoho nových mutácií.

Ďalšia možnosť je, že vírus preskočil na zviera, kde nazbieral nové mutácie, a potom preskočil opäť na ľudí, píše o možnom pôvode omikronu Scientific American.

Virológ: Mal som husiu kožu

K objavu omikronu došlo 19. novembra. „Mal som husiu kožu,“ cituje Financial Times botswanského virológa Sikhulila Moya z výskumného inštitútu v Gaborone.

Moyo skúmal niekoľko vzoriek, na ktorých si všimol nevídanú zbierku mutácií. „Niektoré vzory mutácií sme nikdy predtým nevideli,“ dodáva.

Ministerstvu zdravotníctva v Botswane povedal o víruse 23. novembra a výsledky nahral do databázy GISAID, globálneho úložiska vírusových genómov (celá genetická informácia).

„Na druhý deň sme videli, že Južná Afrika a Hongkong videli rovnakú vec. Bavili sme sa o tom a uvedomili sme si, že tieto mutácie tvoria vlastný druh.“

Medzitým došlo k nárastu prípadov v Južnej Afrike a 26. novembra označila WHO omikron za piaty obávaný variant.

Moyo v rozhovore pre AP povedal, že jeho objav by nebol možný, ak by iní vedci nenahrali milióny sekvencií SARS-CoV-2 do databázy. Preto hovorí o kolektívnom úspechu. „Vedci by mali pracovať spolu a syndrómu, ‚kto to urobil ako prvý‘, by sme sa mali zbaviť. Mali by sme byť pyšní na to, že sme všetci prispeli nejakým spôsobom,“ cituje vedca agentúra AP.

Rozhovor s virológom Sikhulilom Moyom, ktorý bol pri objave omikronu. Zdroj – AP/YouTube

Kam sa posielajú dáta zo sekvenovania

Molekulárny biológ a genetik Tomáš Szemes povedal, že v Centre genomiky a bioinformatiky vo Vedeckom parku UK v Bratislave týždenne spracujú genómy zo 600 infikovaných vzoriek. Štyristo z nich sekvenujú sami, 200 vzoriek sekvenuje úrad verejného zdravotníctva, pre ktorý robia bioinformatické spracovanie.

Ďalších 200 vzoriek sa sekvenuje vo Virologickom ústave SAV u Borisa Klempu. Priemerne 300 vzoriek sekvenuje od októbra aj Jesseniova lekárska fakulta Univerzity Komenského v Martine.

Týždenne sa tak na Slovensku osekvenuje a analyzuje 1 100 vzoriek. Celý proces koordinuje úrad verejného zdravotníctva.

Vzorky na sekvenovanie sa vyberajú náhodne aj cielene. „Do druhej skupiny patria vzorky od ľudí s cestovateľkou anamnézou a s pozitívnym výsledkom po očkovaní. Sú aj ďalšie kategórie cieleného výberu, no tieto sú v súčasnosti najkritickejšie,“ objasnil Szemes.

Po osekvenovaní sa údaje nahadzujú do globálnej databázy GISAID a európskeho archívu The European Nucleotide Archive (ENA). „Údaje sú doplnené o metadáta typu pohlavie či vek danej osoby,“ povedal Szemes a dodal, že identifikovať konkrétnu osobu z týchto dát nie je možné.

Slovenský vedec povedal, že nie je delta ako delta, lebo tento variant má okolo 180 subvariantov. Hoci sa dve osoby infikujú deltou, v skutočnosti môže ísť o subvarianty, ktoré sa môžu líšiť viacerými mutáciami. Aj na Slovensku sa objavujú „rôzne delty“ s rôznymi zmenami, podľa Szemesa však dosiaľ nebol dôvod na znepokojenie. „Ak by sme jeden týždeň našli jednu takúto vzorku a ďalší týždeň by ich bolo sto, hlbšie by sme sa tomu venovali.“

Obmedzenia na hraniciach

Botswanský virológ Sikhulila Moyo má zmiešané pocity z toho, že štáty na juhu Afriky doplatili na svoju transparentnosť, keď ich vedci otvorene informovali o omikrone a ich občanom bol zakázaný vstup do USA či iných krajín. „Takto odmeňujete vedu? Tým, že budete dávať krajiny na čiernu listinu?“ pýta sa Moyo pre AP.

Omikron už identifikovali v desiatkach krajín sveta vrátane našich susedov – Česka a Rakúska.

Podľa Kelley Leeovej, odborníčky na verejné zdravie zo Simon Fraser University v Burnaby v Kanade, je na zákaz vstupu cudzincom do krajín neskoro. „Variant už cirkuluje po celom svete,“ dodala vedkyňa pre časopis Nature.

Iní hovoria, že zákazy sa zavádzajú, aby krajiny dokázali pripraviť na možný negatívny vplyv omikronu svoj zdravotnícky systém, no podľa Catherine Worsnopovej, ktorá skúma medzinárodnú spoluprácu počas globálnych zdravotných kríz, musia také opatrenia sprevádzať aj domáce protipandemické opatrenia. Inak nie je zrejmé, „na čo si kupujú čas“, dodala vedkyňa pre Nature.

Molekulárny biológ a genetik Tomáš Szemes je za isté obmedzenia na hraniciach. „Zabrániť príchodu omikronu sa nám zrejme nepodarí, veď naši rakúski susedia už zaznamenali 11 prípadov. Podľa mňa je však dobrá stratégia urobiť čo najviac proti nekontrolovanému masívnemu vstupu ľudí infikovaných variantom omikron.“

Máte pripomienku alebo ste našli chybu? Prosíme, napíšte na [email protected].